For at bøndene skal kunne dra nytte av organiske landbruksmetoder, trenger forbrukerne å kunne stole på at regelverket for organisk jordbruksprodusjon etterkommes.Derfor opprettholder EU følgende strenge kontrollsystem for å sikre at regler og forskrifter overholdes. Fordi økologisk jordbruk er en del av en større forsyningskjede som inkluderer næringsmiddelforedling, distribusjon og detaljhandel , er disse også underlagt kontroller.
Alle aktører blir sjekket minst en gang i året, for å sikre at de fortsatt følger regelverket. Importerte økologiske matvarer er også underlagt kontrollprosedyrer, for å sikre at de er produsert og fraktet i henhold til organiske prinsipper.